非淋症状潜伏期可有数天至数月，但多数为1至3周。常表现为尿道内的不适，发痒、烧灼感和排尿困难、疼痛、少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄、量少，为浆液性和脓性，多需用手挤压尿道才发现有分泌物溢出。长时间不排尿或早晨首次排尿前可能见到溢出尿道口的分泌物污染内裤，结成粘糊状，可封住尿道口（俗称为“糊口”现象）。有30%-40%的患者可无任何症状，也有不少病人症状不典型，有约一成左右的患者可同时合并淋球菌感染。
1、非淋菌性尿道炎潜伏期：1-4周。
2、非淋菌性尿道炎症状起病不如淋病急，症状拖延，时轻时重，但比淋病轻。约50%的病人有尿痛、尿道痒等症状。初诊时很易被漏诊。女性非淋菌性尿道炎症状更轻，无尿痛或轻微尿痛，可出现少量分泌物。有时宫颈也有炎症或糜烂，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞。
3、非淋菌性尿道炎症状表现为尿道分泌物少，稀薄，粘液性或粘膜脓性。较长时间不排尿(如晨起)尿道外口可溢出少量稀薄分泌物。有时仅表现为晨起痂膜封住尿道口或污染内裤。检查时，需由后向前按挤前尿道才可能有少许分泌物由尿道口溢出。有时病人有症状无分泌物，也可无症状而有分泌物。
4、非淋菌性尿道炎症状常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染1-3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。
5、非淋菌性尿道炎症状处理不当或治疗不及时可引起并发症（1%）。如急性附睾炎、前列腺炎、结肠炎、咽炎。女性宫颈炎、宫颈糜烂、前庭大腺炎、炎、输卵管炎、盆腔炎、异位妊娠、不育等。
6、新生儿通过感染的产道、生后3-13d可发生眼结膜炎，眼部有粘液脓性分泌物，也可无分泌物。但多不侵犯角膜。生后2-3周可发生肺炎。症状不断加重，呼吸急促为其特点，但不发热。其中半数患儿有眼结膜炎。
7、极少数病人可伴发Reifer综合征：尿道炎、关节炎、角膜炎、结合膜炎及皮疹。
