腹腔妊娠的原因的原因有很多。原发性腹腔妊娠是比较少见的，这种腹腔妊娠是指受精卵直接种植在腹膜、肠系膜、大网膜、骨盆腔内的异位子宫内膜上，继续发育生长。主要的原因是受精卵种植在腹膜，腹膜是由体腔上皮衍生而来，具有潜在的副中肾管上皮的功能，如子宫后壁常有蜕膜反应即为例证；子宫内膜种植在壁层或脏层表面，有利于受精卵的种植。
还有可能就是因为子宫有缺损，例如疤痕还没有愈合、憩室、子宫发育不良自发破，裂子宫腹膜瘘等。最多见受精卵先种植在输卵管内，然后，发生破裂或流产，胚囊落入腹腔，附着于大网膜、肠系膜、脏器等处，继续生长发育成腹腔妊娠。胚囊可与输卵管、子宫、卵巢仍有联系，或有破损痕迹。
