前列腺液培养发现致病病原体是选择抗菌药物治疗的依据。非细菌性前列腺炎患者若有细菌感染征象，经一般疗法治疗无效，亦可适当采用抗菌药物治疗。抗菌药物的选择需注意前列腺腺泡与微循环间存在由类脂膜构成的前列腺-血屏障，妨碍了水溶性抗生素通过，大大降低了治疗效果。当有前列腺结石存在时，结石可成为细菌的庇护体。上述诸因素构成了慢性细菌性前列腺炎治疗上的困难，需要较长的疗程，且容易复发。
1、目前多主张喹诺酮类药物如氧氟沙星或左旋氧氟沙星。若无效继续用8周。复发且菌种不变，改用预防剂量以减少急性发作，使症状减退。长期应用抗生素若诱发严重副反应，如假膜性肠炎、腹泻，肠道耐药菌株滋长等，需更换治疗方案。非细菌性前列腺炎是否适宜使用抗菌药物治疗，临床上仍有争论。“无菌性”前列腺炎患者也可使用对细菌和支原体有效的药物，如喹诺酮类药物，SMZ-TMP或单用TMP，与四环素、喹诺酮类药物并用或间隔使用。如果抗生素治疗无效，确认为无菌性前列腺炎者，则停用抗生素治疗。此外，用双球囊导尿管封闭前列腺部尿道，从尿道腔注入抗生素溶液反流入前列腺管，亦可达到治疗目的。
2、I型主要是广谱抗生素，对症治疗和支持治疗。Ⅱ型推荐以口服抗生素为主，选择敏感性药物，疗程为4-6周，期间应对患者进行疗效阶段性评价。Ⅲ型可先口服抗生素2～4周，再评估疗效。同时辅以非甾体抗炎药，α-受体拮抗剂，M-受体拮抗剂等改善排尿症状和疼痛。IV型无需治疗。
3、非甾体抗炎药可改善症状，一般使用消炎痛内服或栓剂，中药使用消炎、清热、解毒、软坚药物亦收到一定效果。别嘌醇能降低全身及前列腺液中的尿酸浓度，理论上它作为自由基清除剂，还可清除活性氧成分，减轻炎症，缓解疼痛。不失为可选用的辅助治疗方法。
4、前列腺按摩可排空前列腺管内浓缩的分泌物以及引流腺体梗阻区域的感染灶，因此对顽固病例可在使用抗生素的同时每3～7天做前列腺按摩。多种物理因子被用作前列腺理疗，如微波、射频、超短波、中波和热水坐浴，对松弛前列腺、后尿道平滑肌及盆底肌肉，加强抗菌疗效和缓解疼痛症状有一定好处。
5、对伴有膀胱功能过度活动症表现如尿急，尿频，夜尿增多但无尿路梗阻的前列腺炎患者，可以使用M-受体拮抗剂治疗。
6、前列腺痛、细菌性或非细菌性前列腺炎患者的前列腺、膀胱颈及尿道平滑肌张力都增加，排尿时后尿道内压增高致尿液反流入前列腺管，是引起前列腺痛、前列腺结石及细菌性前列腺炎的重要原因，应用α受体拮抗剂有效地改善前列腺痛及排尿症状，对防止感染复发有重要意义。α受体拮抗剂宜用较长疗程，使有足够时间调整平滑肌功能，巩固疗效。
7、前列腺按摩是传统的治疗方法之一，研究显示适当的前列腺按摩可促进前列腺管排空，增加局部药物浓度，进而缓解慢性前列腺炎的临床症状。热疗主要利用多种物理手段所产生的热效应，增加前列腺组织血液循环，加速新陈代谢，有利于效应和消除组织水肿，缓解盆底肌肉痉挛等。
8、外科治疗可用于反复发作的慢性细菌性前列腺炎。前列腺摘除能够达到治愈的目的，但是要慎用。由于前列腺炎通常累及腺体的外周带，因此，前列腺电切术难以达到治疗的目的TURP能够去除前列腺的结石和前列腺导管附近的细菌感染病灶，有益于降低外周带病灶的再感染。慢性细菌性前列腺炎可导致反复尿路感染及不育。
