一般来说，卡氏肺囊虫肺炎是可以治愈的。必须注意免疫抑制者与患者的隔离，防止交叉感染。对高危人群应密切注意观察。对有发生卡氏孢子虫危险的病人，应用药物预防，可有效地防止潜在感染转变为临床疾病和治疗后复发。
针对病原治疗，以前常用戊烷脒肌注10～14天。亦可气雾吸入，早期应用此药，至少60%患儿可以治愈，但约半数患儿可出现较重的不良副作用。如局部发生无菌性脓肿、皮疹、低血压、恶心、呕吐、眩晕、低血糖、低血钙、巨幼红细胞性贫血、血小板减少、中性粒细胞减少及肝肾功能损害等；
正确选用抗菌药物是治疗的关键， 对于轻症，可选用口服抗菌药，如大环内酯类及喹诺酮类抗菌药等。对于中、重症肺炎可采用静脉点滴，应用某种抗菌药至少要观察3-5天，无效后才考虑更换其它抗菌药物。
