羊水穿刺手术作为一种产前诊断技术，加上操作是有创性检查，因此存在以下几种医疗风险：
1、该操作用细针穿刺进入羊膜腔，可能造成准妈妈出血、出血性休克、羊水外流、流产及伤及胎儿的可能。
2、因子宫畸形、胎盘位于前壁、腹壁太厚、羊水过少等原因可能导致穿刺失败。
3、由于羊水细胞培养系脱落细胞体外培养受羊穿时间、标本是否混血、培养基污染等多种因素影响，羊水培养有失败的可能，有时因为崁合体而不能诊断。
4、受现有医学技术水平的限制，羊水生化检查、细胞学、和分子遗传学分析有时难以确诊，需进行进一步检查。
5、如术前准妈妈存在隐形感染或术后卫生条件不佳，有发生宫内感染的可能。
6、准妈妈若合并心脑血管疾病，由于疼痛、紧张等刺激，有发生心脑血管意外的可能。
7、通过本次检查，可以排除拟诊断染色体异常的疾病，但受现有医学技术水平的限制，有时难以分辨染色体的某些微小异常，也不能排除一些多基因病、或其他原因导致的胎儿畸形或异常。
8、由于不可抗拒的外界影响如停电、地震或培养设备的损害等非人为因素造成羊水培养失败可能。
