配方奶粉与普通奶粉的区别是构成的不同。配方奶粉为了使奶粉内容更接近母乳构成，改变了里面的酪蛋白为乳清蛋白、饱和脂肪酸为不饱和脂肪酸、乳糖、矿物质等的含量，将蛋白质分解为更小的因子，使之变成适用于有各种特殊体质的宝宝们。而普通奶粉中的牛奶蛋白分子都是完整的，没有经过改造的，适合一般的宝宝们。
添加成分不同也有一定影响。配方奶粉中添加了更多独特的微量元素，用来针对有不同身体需求的宝宝们，比如易拉肚子、易溢奶、或者有过敏体质，牛初乳过敏体质的宝宝们，更有针对性。而普通奶粉则含有丰富的蛋白质、氨基酸、维生素、矿物质等，营养均衡、全面，适合一般的宝宝们。
